В ранний период своего пребывания в Сибири Бухарцы сибирские рассматривались как иностранцы, добровольно принявшие российское подданство. Они пользовались определенными привилегиями, например в области торговли, передвижения, предоставленными им указами русских царей. Село Ембаево было основано в начале 17 века сибирскими Бухарцами и одним из них был Нигматулла Хаджи.
Музей Нигматуллы Хаджи размещается в помещении бывшего Ембаевского магометанского училища, которое входит в исламский комплекс, построенный Нигматуллой Кармышаковым и действует с 1994 года. За эти годы он стал известен не только в Тюменской области, его посещают гости, туристы из других регионов России. Со дня создания музея в настоящее время взято на учет фонда более 3000 экспонатов. Все экспонаты находятся в четырех залах музея: «Этнографический», «Изба», «Зал боевой и трудовой славы» и «История образования».
Музей планирует продолжать активную работу, а также пополнять количество экспонатов, которые свидетельствуют об истории быта и культуры сибирско-татарского народа.